该校设有基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院（安徽省口腔医院）、卫生管理学院、生命科学院学院、护理学院、药学院、人文社会科学学院、国际教育学院、公共基础学院、研究生学院、成人教育学院（继续教育学院）、临床医学院、第一临床学院（第一附属医院）、第二临床学院（第二附属医院）、巢湖临床学院（附属巢湖医院）、第四临床学院（第四附属医院）、医学检验系、医学影像系、麻醉学系、医学心理学系、医学美容系等直属教学机构。

      该校拥有5所直属附属医院（第一附属医院、第二附属医院、第四附属医院、附属巢湖医院、附属口腔医院——安徽省口腔医院），6所非直属附属医院（附属省立医院、第三附属医院——合肥市第一人民医院、附属合肥医院——合肥市第二人民医院、附属安庆医院——安庆市立医院、附属六安医院——六安市人民医院、附属宿州医院——宿州市立医院），与合肥市共建附属阜阳医院 。