截至2014年3月，学校校本部设有10所学院和1所研究院，包括基础医学院、公共卫生学院、化学生物学与药学院、生物医学工程学院、中医药学院、卫生管理与教育学院、护理学院、燕京医学院、全科医学与继续教育学院、国际学院；北京脑重大疾病研究院。

•       专业设置

•       首都医科大学基础医学院：五年制基础医学专业、七年制临床医学专业、七年制临床医学专业（儿科医学专业方向）、七年制口腔医学专业、五年制本科临床医学专业、五年制本科口腔医学专业、五年制本科基础医学专业

        首都医科大学护理学院：五年制护理专业

        首都医科大学公共卫生与家庭医学学院：五年制预防医学专业

        首都医科大学化学生物学与药学院：五年制临床药学专业 、四年制药学专业

        首都医科大学生物医学工程学院：生物医学工程专业、生物医学工程专业（听力学方向）、假肢矫正工程专业

        首都医科大学中医药学院：五年制本科中医学专业 、四年制本科中药学专业

        首都医科大学卫生管理与教育学院：公共事业管理专业（卫生事业管理方向）、法学专业（卫生法学方向）

        首都医科大学燕京医学院：四年制医学检验专业、五年制临床医学专业、三年制临床医学专业（专科）、三年制卫生信息管理专业 （专科） 、三年制药学专业（专科）、三年制医学检验技术专业（专科）、三年制口腔医学技术专业（专科）、三年制护理专业（专科）